食品安全中的危害添加剂和污染物残留可以通过三重四极杆质谱的离子比率法进行测定，但对于一些官能团位置差异的同分异构体残留，离子比率和MS/MS全扫描谱图对结构鉴定还是有限，对于一个化合物的准确定性，应包括分子式和结构确证两部分。LTQ Orbitrap组合式高分辨质谱仪兼有离子阱和高分辨质谱平行检测的能力，离子阱的多级质谱可得到结构碎片，高分辨谱图可得到分子式，对于异构体和结构类似物的鉴定提供了全面的数据。特丁津和扑灭净是除草剂异构体，结构差别是一个甲基官能团的位置差异，多级质谱可表征这种差异。
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